در مرحله سوم که از ابتدای فروردین ۸۹ به اجرا گذاشته شد

در مرحله سوم که از ابتدای فروردین ۸۹ به اجرا گذاشته شد، دامنه شمول مودیان گسترش یافت و کلیه اشخاص حقیقی و حقوقی که بر اساس شرایط مراحل اول و دوم ثبت نام ، مشمول اجرای نظام مالیات بر ارزش افزوده نشده بودند و در صورتی که در سال ۸۷ یا ۸۸ مجموع فروش کالاها و ارائه خدمات ( غیر معاف یا معاف غیر معاف ) آنها سه میلیارد ریال و بالاتر بود، مشمول این مرحله گردیدند. مرحله چهارم از مهر ماه ۱۳۸۹ اجرا گردید و کلیه اشخاص حقیقی و حقوقی که بر اساس شرایط مراحل گذشته مشمول نشده بودند، در صورتی که شاغل به فعالیتهای اعلام شده موضوع بند ب ماده ۹۶ قانون مالیاتهای مستقیم مصوب ۲۷/۱۱/۸۰) بودند با هر میزان فروش یا درآمد مشمول این مرحله گردیدند.